For i = 1 To 12　と　 For j = 1 To 32　の2重ループにしていますが、
これは月ごとに行を変えているためです。
1行で良いのなら、開始日から終了日までのループだけで済みます。
以下のように書き換えてみました。

Sub calendar_make4()
'カレンダー作成
'
    Dim sh1 As Worksheet
    Dim i As Integer, j As Integer
    Dim myDay As Date
    Dim myPs As Range
    Dim Holiday As Range
    Dim iCol As Variant, fCol As Variant
    Dim myFlg As Boolean
    Dim sYear As Integer, eYear As Integer
    Dim sMonth As Integer, eMonth As Integer
    Dim sDay As Integer, eDay As Integer
     Dim gyokan As Long, mycnt As Long
     Dim cnt As Long


    Set sh1 = Worksheets("カレンダー4")
    Set Holiday = Worksheets("祝日").Range("A1:A84")

    Application.ScreenUpdating = False
  
    gyokan = 4  '行間隔

    With sh1
        '着色クリア
        With .Range("D4:BZ8")  '適切な範囲にすること
            .ClearContents
            .Interior.ColorIndex = xlNone
            .Font.ColorIndex = 0

        End With

        '設定年月日
            sYear = Year(.Range("E2").Value)
            sMonth = Month(.Range("E2").Value)
            sDay = Day(.Range("E2").Value)
            eYear = Year(.Range("E3").Value)
            eMonth = Month(.Range("E3").Value)
            eDay = Day(.Range("E3").Value)

            i = 1
            For j = 1 To .Range("E3").Value - .Range("E2").Value + 1
                '入力する日付
               myDay = DateSerial(sYear, sMonth, sDay + cnt)
                cnt = cnt + 1
               

                '月、日にちを入力
                .Cells(2 + gyokan * i, 4).Value = Month(.Cells(2 + gyokan * i, 5).Value) & "月"
                .Cells(2 + gyokan * i + 1, 4).Value = "曜日"

 '               Set myPs = .Cells(2 + gyokan * i, 4 + j)    '入力するセル　ここを基準に設定しています
                Set myPs = .Cells(2 + gyokan, 4 + j)     '入力するセル　ここを基準に設定しています
                myPs.Value = myDay
                myPs.NumberFormatLocal = "d"    '表示形式を"d"に設定しています。

                '曜日を入力
                myPs.Offset(1, 0).Value = Format(myDay, "aaa")
                '土日check
                myFlg = False
                Select Case myPs.Offset(1, 0).Value
                    Case "土"
                        iCol = 34    '塗りつぶしの色番号
                        fCol = 5    'フォントの色番号
                        myFlg = True
                    Case "日"
                        iCol = 36
                        fCol = 3
                        myFlg = True
                    End Select

                  '祝日check
                  If WorksheetFunction.CountIf(Holiday, myPs.Value) = 1 Then
                      iCol = 40
                      fCol = 3
                      myFlg = True
                  End If
                  '着色　　土日祝日の時(myFlg = True)に実行
                  If myFlg = True Then
                    .Range(myPs, myPs.Offset(1, 0)).Interior.ColorIndex = iCol
                    .Range(myPs, myPs.Offset(1, 0)).Font.ColorIndex = fCol
                  End If

              Next j


        End With

        Application.ScreenUpdating = True

End Sub