お書きのコードは　AdvancedFilter　(フィルターオプションの設定といった機能で、リボンでは　詳細設定というコマンドから実行する機能)　です。
オートフィルターではないです。

コードでは B1:B2が条件設定を行っているセルになりますので
B2だけに複数の出席番号を除く条件を書くのは、数式で行う必要があると考えます。
すると、B1セルは空欄のままにしておきます。
B2セルに　=AND(A5<>1001,A5<>1002,A5<>1003)　と入力しておくと
1001、1002、1003を除いたものがSheet2へ抽出されるはずです。
この数式は　A5セルがデータの先頭行としています。4行目は見出しが入力されているものと考えています。
1001だけを除く場合は　B2セルに　=A5<>1001　と入力します。
こういうことでよろしいでしょうか?

(追加)
条件（数式）の書き方なら
=NOT(OR(A5=1001,A5=1002,A5=1003))
〜と同じ　をNOTで否定して、　〜でない　とすることもできます。
また、1001から始まっている数値なら
>=1004　1004　以上のもの　といった条件の付け方もあります。
つまり、いろいろな書き方がありますので、ご自身で理解しやすい方法を取られたら良いと思います。

「本来はsheet1を指定しないといけないのかな？？」<---この方がコードがわかりやすいと思います。
また、どのシートからでも実行することができるようになりますので。
Sheetを省略するとアクティブシートのことになるので、ほかのシートから実行するときに都合が悪くなります。
ただし、コードが長くなりますけど、それはしょうがないですね。

コードを修正してみました。
抽出先はSheet3のA1としていますので、ご注意ください。

Sub test1()
Dim gyo As Long
Dim retu As Long
gyo = Sheets("Sheet1").Cells(1, 1).End(xlDown).Row
retu = Sheets("Sheet2").Cells(1, 1).End(xlToRight).Column

Sheets("Sheet3").Range("A:D").Clear
Sheets("Sheet1").Range(Sheets("Sheet1").Cells(1, 1), Sheets("Sheet1").Cells(gyo, 4)).AdvancedFilter _
        Action:=xlFilterCopy, _
        CriteriaRange:=Sheets("Sheet2").Range(Sheets("Sheet2").Cells(1, 1), Sheets("Sheet2").Cells(2, retu)), _
        CopyToRange:=Sheets("Sheet3").Range("A1"), _
        Unique:=False
End Sub

今更ですが、除外するNoをテーブルとして入力することによって、
数式の変更や検索条件の範囲を変更する必要がなくなります。
ちょっとややこしく感じられるかもしれませんが、↓のページの最後の方に書いてみましたので、
興味をひかれましたらご覧ください。
http://www4.synapse.ne.jp/yone/excel/excel_data_filter_not.html