文字列の場合、1.23457E+11をExcelで読み込み、他のセルで　=A1*1といった数式で数値化してやると123457000000 といった具合になります。
こういうことを求められていますか?

CSVファイルで値は　5.33E+39　や6.80E+03となっているのかは、メモ帳などでCSVファイルを開いて確認したらいかがですか？
Excelで開くと勝手に指数形式に変更している可能性があります。

文字列で開かなくても標準で読み込んで、表示形式を数値に変更するといったことでは対処できませんか?

> この 5.33E+39や6.80E+03の元のデータは600453であったり、60J780といった
> 6桁コードが正しいものです。
> メモ帳でＣＳＶファイルを開いて場合、表示されるのも同様の5.33E+39表記です。

ということはCSVファイルには　「5.33E+39」と記録されているようです。
どうしたら「60J780」といった文字列が「600453」といった数値になるのかが
わかりません。
元データを確認する必要がありそうですが、正しい6桁のコードが記録されているデータですか?確認できていますか?

ExcelファイルからCSVファイルに変換したものなら
Excelファイルの表示形式を適切にしたらよさそうな気がします。

「84-10がOct-84という表記になったまま」というのは
日付の表示形式になっているような気がしませんか?

CSVファイルはカンマ区切りのテキストファイルなので、テキストエディタ(メモ帳)で
表示されるものがファイル内容と考えてよいと思います。
この時点で正しくなかったら　CSVファイル化の時か、元データがおかしいと思います。