> CSVが閉じませんが何が原因なのでしょうか？
閉じるコードを書いていませんので、CVSファイルを開いたときに Set myCVS = ActiveWorkbook　としておき、
書き出しが終わったら　myCVS.Close　として閉じたらよいと思います。
Dim tmp As Variant
Dim myCVS As Workbook
    Open OpenFileName For Input As #1
        Set myCVS = ActiveWorkbook
        Fcn = 9
        
        
        


        Loop
        Close #1

    End With
    myCVS.Close
 '-------------
 
> 書出しの部分がうまくいかない
これは
> エクセルの書出し部分を三行ずつセルを統合してしまったのですが、それが
原因でしょうか？
たぶんこれが原因だと思います。
3行が結合されているのであれば、3行ごとに書き出さないといけないのでは?
.Cells(Fcn + 1, 13).Value = tmp(i)
は　Fcn+1で1行ずつ連続した行に書き出しています。
Fcn*3-2　とすると、　1、4、7・・・と3行ごとになります。
ただし、Fcn=9から開始して、11以上で書き出しているので(タイトル行を書き出さないため)
11*3-2＝31　になってしまいます。
実際は12行目から書き出すので
(Fcn-7)*3-2　といったような調整が必要と思います。


> ↓こちらも大変勉強になりました。
> http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Excel/vba/vba_csv.html
書いていたことを覚えていませんでした。(-_-;)