>それをフォルダ1にあるExcelファイルネームを付けようとするのですが、
>フォルダ2のpdfファイルを読み込む際、
>1、2、3・・・の順ではなく、1、10、11・・・19、2、20、21・・・
>というような順番で読み込んでしまい、
>Excelとの並びが合わなくなってしまいます。
>結果、2.pdfに付けたいファイルネームが10.pdfに付いてしまいます。
これが問題なら、読み込み方を変えればよいのでは?
Dir関数で読み込んでいるからそのようになっているのなら
他の方法を考えて、ファイル名は1〜10の順番になっているので
その番号を指定して　
Fot　i=1　to　10
とすれば順番になるので、この　i　をファイル名に使えばよいのでは?

for　〜　Next　からは　該当番号がなくなって時に　Exit　で抜ければよいと思います。