お書きの数式は下のように[Alt]+[Enter]で改行することができます。
数式バーの高さを変えて表示すると、IF関数のネストがどうなっているかが少しわかりやすくなります。
数式内にカーソルを表示すると、「関数のヒント」が表示されますので、引数がどの部分かがわかるようになって便利です。

=IF(ISBLANK($C$2),"",
IF($C$4=$F$4,"1",
IF($C$5=$F$5,"2","3")　　    ←ここでIF関数は完結しています。IF(論理式,真の場合,偽の場合)
),IF(MID(F2,2,1)="2","A")))　←意味のない付け足しになっています。



1,2,3　とする条件より、A　とする条件を前に持ってくるのではいかがでしょうか?
すべて、IF関数の引数「偽の場合」のところにIF関数が入っています。

=IF(ISBLANK($C$2),"",
IF(MID(F2,2,1)="2","A",
IF($C$4=$F$4,"1",
IF($C$5=$F$5,"2","3"))))

(追加)
Excel2019,Microsoft365をお使いでIFS関数が使える場合は以下の数式でもよろしいと思います。
=IFS(ISBLANK($C$2),"",MID(F2,2,1)="2","A",$C$4=$F$4,"1",$C$5=$F$5,"2",TRUE,"3")

以上です。